Des variations pathogènes dans le gène SETD1B sont responsables d’un retard global du développement accompagné de troubles de la parole et du langage, ainsi que par l’apparition de crises épileptiques généralement au cours des premières années de vie. De nombreux patients présentent des troubles du comportement associés, le plus souvent un trouble du spectre autistique et de l’anxiété. Des traits du visage particuliers peuvent être notés mais ne sont pas spécifiques et varient d’un individu à l’autre, des doigts effilés et des modifications pigmentaires de la peau peuvent également être observés.
Les patients présentant une microdélétion du chromosome 12q24 incluant le gène SETD1B présentent des caractéristiques similaires.